Lain es una chica de unos 14 años que vive una vida "normal", asiste a su instituto todos los días , tiene una hermana y sus respectivos padres que le acompañan en su hogar. Todo parece tranquilo para la sana de lain, una chica tremendamente introvertida y casi desesperantemente poco comunicativa.
En este mundo compusto de computadores , el recibir mails en especies de notepads de bolsillos está a la orden del día. Y todo sigue su normal camino hasta que cierto día , una compañera de su colegio se ha suicidado lanzandose de la azotea de un edificio. Pero lo que cambia definitivamente el rumbo de la historia es cuando algunos compañeros e incluso Lain reciben mails de Chisa, la chica muerta. Donde dice que su muerte ha sido el renacer en un nuevo mundo, donde existe la libertad absoluta, una libertad en la red.
Lain extrañamente es aludida por estos sucesos que se encarga en resolver casi de forma instintiva. El unico camino definitivo será la red, así que gracias a las técnologías de su padre logra re-construir un nuevo modelo de computador para lograr ingresar a ella de la mejor forma posible. Pero cuando realmente Lain "se conecta" es al adquirir cierta tecnología clandestina y practicamente descontinuada..., el procesador PSYCHE, que gracias a su sistema de protocolo le permite conectarse al usuario de una forma casi total. Podríamos decir que es una conexión mental.
Desde ese momento, Lain descubre que la red es todo lo que nunca imagino, de alguna forma todo en la red resulta más fácil para ella, una transformación sicologica casi incociente sucede en ella misma y que poco a poco se proyectará en su exterior, así como en la realidad.Lain comienza a aparecer en cada computador y en cada mente de los usuarios, Lain se multiplica y se transfomra en otra Lain, que ha sido creada bajo los estimulos de otros a quienes a hablado y le han interpretado. Lain entonces comienza a luchar por descubrir si su yo original aún existe, si bajo esta PSYCHE y sus conocimientos existen los Knights y que quieren lograr desarrollando un juego llamado Phantoma que induce a los jugadores a desarrollar una droga experimental que crea alucinaciopnes y juegos mentales en el mundo real.
Los temas que nacen al avanzar la serie son diversos, el punto de partida es casi un pretexto para descubir que tras un tema existencial existe todo una telaraña de ensallos sicológicos y temáticos.Pero el tema más duro de Lain será descubrir si tras este ideal de mundo sin límites existe todo lo que la vida real le ha dado, si su mejor amiga es capaz de rescatarla ó si su DIOS en la red podrá resolver los misterios de ella misma como "ser virtual" o si simplemente todo jamás sucederá
